奇所面对的是一个非常有趣的挑战。不同于当时绘制湿壁画的传统，达?芬奇使用的是一种类似于湿壁画颜料的油彩蛋彩混合物。当耶稣说“我实实在在地告诉你们，你们中间有一个人要出卖我了”时，众门徒各自是如何反应的呢，在餐桌旁又应当怎样表现？在《笔记》中，达?芬奇写下了自己将如何创作这些表情的打算：其中一位正在饮酒的门徒，端着酒杯将头转向耶稣，愣住了。另外一位也转过头来，手里握着的匕首撞翻了桌上的酒杯……还有一位身体前倾去凝视耶稣，惊愕的用手捂住自己的眼睛。在油画中，达?芬奇所塑造的犹大形象还打翻了一个盐盅。画中所绘的部分门徒是以真实的米兰宫廷朝臣和市民为原型的。《最后的晚餐》的构图不同于以往的画家的做法。在他之前以“最后的晚餐”为题材的画作都将人物围绕着餐桌线性地排列成一圈，而达?芬奇采用了一种波浪形的透视法，正如尼科尔评述的一样：“（画面中）门徒们被分为四组，每组三个，一组组呈波浪形分布的人群突然面临了一个巨大的危机，这使得画面表现出很强的张力——看来达?芬奇找到了这个属于他的戏剧性的一刻……